Si le débugger s'(arrête à la première ligne du projet, il y a plusieurs points à voir :

• Fenêtre > Préférences > PHP > Debug : décocher "Break at First Line"
  (Mais celui là on le fait toujours)
• Ensuite il faut aussi aller dans chaque configuration du deboguer (développer le bouton à flèche > configuratioh deboguer) sous PHP Web Application,  onglet debugger pour décocher le breakpoint "Break at First Line"
  (ceux-ci on a tendance à les oublier)